游戏的体系与前作根本相同，但有了一点纤细改动：前作中由赤色猎鹰表明的兵器在本作中悉数改以枪表明，部分兵器形状也产生显着的改变。比方前作的火焰枪F由旋转小火球变为会发散的大火球。前作中的纵深版面被撤销，取而代之的是可向八方向移动、射击的仰望画面。在仰望画面中可以获得令画面内敌人瞬间全灭的炸弹，发起机遇可由玩家决议，这个设定后来被SFC版沿袭。游戏难度之于前作大幅度提高，被认为是系列悉数著作中最难的之一。 故事产生在前作《魂斗罗》之后的一年。公元2634年12月，地球联邦南美GX军第7方面军在举办军事演习时忽然宣布求救信号，联邦军在剖析之后认为是“赤色猎鹰”的残党和外星人所为，所以，魂斗罗小队的上等兵比尔·雷泽和兰斯·比恩再次反击。